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« Isomorphic Labs: Google DeepMind modélise biologie »

Isomorphic Labs, une sous-entreprise d’Alphabet, la société parente de Google, n’est pas largement connue du public. Cependant, Sergei Yakneen, le directeur technique de l’entreprise, révèle que celle-ci a des aspirations majeures. Il indique que l’objectif principal est de révolutionner notre manière de découvrir de nouveaux médicaments et d’entrer pleinement dans l’époque de la « biologie digitale ». Isomorphic Labs, qui a vu le jour à la fin de l’année 2021, compte notamment s’appuyer sur l’un des travaux de recherche les plus significatifs de DeepMind, la division d’intelligence artificielle de Google. Reflexion à laquelle M. Yakneen faisait allusion, c’est AlphaFold 2, un projet qui a réussi à modéliser en 3D l’intégralité des 200 millions de protéines connues à la mi-2021.

DeepMind est également réputée pour avoir vaincu le champion du monde de Go grâce à AlphaGo. Selon M. Yakneen, cette nouvelle annonce a provoqué une onde de choc dans la communauté scientifique. Il souligne qu’avant la concrétisation d’AlphaFold, un doctorant mettait généralement quatre à cinq ans pour déterminer la structure d’une seule protéine.

Né en Sibérie soviétique et ayant émigré au Canada avec sa famille à l’adolescence, M. Yakneen partage actuellement son temps entre les bureaux d’Isomorphic Labs à Lausanne, en Suisse, et à Londres, au Royaume-Uni. Ces derniers sont situés à proximité directe du siège de DeepMind, soulignant l’importance du projet sur lequel il travaille. Le projet est supervisé par Demis Hassabis, le fondateur de DeepMind et également le directeur actuel de toutes les divisions de recherche en IA au sein de Google DeepMind. Selon M. Yakneen, Hassabis est passionné par la médecine.

Prédire les formes des molécules, leur toxicité.

En termes simples, les 100 employés de la société travaillent intensivement sur la représentation numérique de la biologie. M. Yakneen, qui a étudié avec l’éminent expert en IA, Geoffrey Hinton, explique que l’objectif est de créer des modèles numériques qui décode les systèmes biologiques. Cela se fait non pas en laboratoire mais sur un ordinateur, dans un environnement in silico, en éloignant l’approche traditionnelle des biologistes et chimistes. AlphaFold, qui fait partie de ce grand tableau a été défini comme un simple fragment d’un puzzle beaucoup plus grand.

Isomorphic Labs s’engage fermement dans la création de modèles qui simulent les lois de la chimie, de la physique et de la biologie. L’objectif est d’essayer de prédire la configuration des molécules, leurs interactions, leur toxicité, et bien d’autres.

Même si cette tâche s’avère incroyablement difficile, la société a réussi à publier une nouvelle version d’AlphaFold en octobre 2023. Cette version comprend non seulement les protéines, mais aussi des informations sur les acides nucléiques, l’ADN, et des « molécules petites » connues sous le nom de ligands. Selon M. Yakneen, l’objectif n’est pas uniquement d’accélérer la recherche sur les traitements et de réduire leurs coûts, mais aussi de « réaliser de nouvelles choses », comme la lutte contre les maladies rares ou incurables.

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